自从九一一恐怖攻击之后，美国就极力拉拢巴基斯坦，将其视为打击盖达组织以及塔利班民兵的前线国家。但是，巴基斯坦内部的不稳定，也一直使得美国和巴基斯坦的反恐联盟，处于一个不稳定的状态，而在最近，美国和巴基斯坦之间，更为了应该如何打击在巴基斯坦及阿富汗边境的民兵组织，而产生紧张关系。
在穆夏拉夫时期，美国就极力拉拢巴基斯坦，不但提供经济和军事的支持，也给予经军事政变上台的穆夏拉夫政治上的支持，美国也因为穆夏拉夫的打压民主及人权遭受批评。但是，美国也不满穆夏拉夫的反恐行动过于迟缓。另一方面，打击回教兄弟，也让穆夏拉夫在国内成为不受欢迎的领袖。最后，美国甚至协调让前总理班纳姬布托和夏立夫回国，以制衡穆夏拉夫。但是，班纳姬布托的遇刺和穆夏拉夫的辞职，也显示美国打击恐怖组织的行动，将遭受更大的阻力，而此阻力不只来自盖达组织以及塔利班，也会来自巴基斯坦境内。
在穆夏拉夫下台后，美国急欲在打击恐怖组织上有突破性的进展，于是放宽在巴基斯坦边境攻击民兵的交战准则，在9月初，以飞弹攻击巴基斯坦阿富汗交壤处部落地区疑似塔利班民兵的基地，当时即将上任的巴基斯坦新任总统札达里(Zadari)表示，会支持美国反恐。但是，此举导致巴基斯坦国会、军方及情治单位的不满。9月20日发生的万豪旅馆炸弹攻击，不无向新任总统札达里示威之意，也暴露出巴基斯坦境内严重的安全漏洞。之后，札达里要求美国勿继续单独在巴国境内进行攻击民兵的行动。几天后，美国的无人飞机在巴基斯坦境内被击落。
当然，札达里也是陷入困境中，如果不继续与美国合作打击恐怖组织，恐怕巴基斯坦的治安会更加混乱，而他自己也将再度成为恐怖攻击的目标。近日军方高层进行大幅改组，有数名少将晋升中将，原情报单位的首长也被撤换。新任的情报单位首长帕沙(Ahmed Shuja Pasha)中将，在近几年掌管西北前方省及部落地区安全行动。此项新的任命显示，巴基斯坦将更积极处理边境的安全问题，也有回应美方压力的姿态，因为美国一直对巴基斯坦情报单位有所疑虑。但美巴在反恐合作上将如何调整，仍有待观察。
