中國基督教家庭教會或地下教會等宗教團體一直遭到當局的壓制。人權組織表示，中共對宗教團體的打壓顯示出中共並沒有兌現它申奧時改善人權的承諾，反而表明中共對信仰自由，言論自由等基本人權更加收緊，更加不能容忍了。

據總部位於美國的基督教人權組織“中國援助協會”（China Aid）說，在北京奧運前夕和奧運期間，中共當局已扣留和騷擾了一些著名的家庭教會牧師和活動人士。

據人權組織說，中國家庭教會聯盟主席張明選因為奧運而被迫離開北京，目前一直被河南省公安局拘留。

最近，人權團體活動家華慧琪（Hua Huiqi）曾試圖會見當時在北京參加一個新教教會活動的美國總統布希，之後華慧琪被警方帶走。“中國援助協會”說，華慧琪在一封寫給布希的公開信中說，他遭到了警察的毆打，但後來他又設法逃脫當局的拘留，從那以後再也沒有聽到他的音訊。

位於香港的人權觀察組織亞洲部研究員凱恩（Phelim Kine）說： “中共當局對張，華兩人的處理方式表明瞭它對任何官方教會制度以外的宗教活動人士的容忍度非常的低。中共政府有五大國教：伊斯蘭教，佛教，道教，新教和天主教。任何在官方認可體系之外的人都會經常受到來自中共的嚴重報復。”

凱恩說：“我們曾非常希望，中共政府將兌現其改善人權的承諾。但不幸的是，我們看到在一些方面，不管是媒體自由、言論自由、結社自由還是宗教自由，中共都沒有尊重讓人民擁有更多人權的承諾。事實上，我們已看到，中共對這樣的自由已收緊了，更加不能容忍了。”

中共借奧運抓捕上萬名法輪功學員。據不完全統計，從去年年底到2008年6月30日，非法抓捕法輪功學員的案例就有8037宗，法輪功學員被迫害致殘、致死的惡性事件持續不斷。進入7月以來，法輪功明慧網刊出的相關案例有增無減。