台灣中央選舉委員會宣布國民党候選人馬英九當選總統。民進党候選人謝長廷承認失敗。 馬英九稱讚謝長廷展現了「政治家風范」，使選舉和平落幕。 台灣總統陳水扁祝賀馬英九當選，並表示將協助馬英九完成政權交接事宜。

馬英九於記者會中表示，他已經與謝長廷通過電話，對於謝長廷認為這是他個人失敗並約束支持者，馬英九認為謝長廷展現了「政治家風范」，兩人也一起為台灣民主往前跨了一大步。 在台北市中心，馬英九對几千名支持者說，這次胜利不僅僅是國民党的胜利。台灣民主制度需要改革，在中國几千年歷史上，只有台灣能夠有這樣的民主，每個人都應該為民主和自由歡慶。

馬英九指出，台灣最重要的核心价值是自由、民主，而在華人社會中，只有台灣的民主最為進步，他們會用生命保衛民主及自由。