自從九一一恐怖攻擊之後，美國就極力拉攏巴基斯坦，將其視為打擊蓋達組織以及塔利班民兵的前線國家。但是，巴基斯坦內部的不穩定，也一直使得美國和巴基斯坦的反恐聯盟，處於一個不穩定的狀態，而在最近，美國和巴基斯坦之間，更為了應該如何打擊在巴基斯坦及阿富汗邊境的民兵組織，而產生緊張關係。
在穆夏拉夫時期，美國就極力拉攏巴基斯坦，不但提供經濟和軍事的支持，也給予經軍事政變上台的穆夏拉夫政治上的支持，美國也因為穆夏拉夫的打壓民主及人權遭受批評。但是，美國也不滿穆夏拉夫的反恐行動過於遲緩。另一方面，打擊回教兄弟，也讓穆夏拉夫在國內成為不受歡迎的領袖。最後，美國甚至協調讓前總理班納姬布托和夏立夫回國，以制衡穆夏拉夫。但是，班納姬布托的遇刺和穆夏拉夫的辭職，也顯示美國打擊恐怖組織的行動，將遭受更大的阻力，而此阻力不只來自蓋達組織以及塔利班，也會來自巴基斯坦境內。
在穆夏拉夫下台後，美國急欲在打擊恐怖組織上有突破性的進展，於是放寬在巴基斯坦邊境攻擊民兵的交戰準則，在9月初，以飛彈攻擊巴基斯坦阿富汗交壤處部落地區疑似塔利班民兵的基地，當時即將上任的巴基斯坦新任總統札達里(Zadari)表示，會支持美國反恐。但是，此舉導致巴基斯坦國會、軍方及情治單位的不滿。9月20日發生的萬豪旅館炸彈攻擊，不無向新任總統札達里示威之意，也暴露出巴基斯坦境內嚴重的安全漏洞。之後，札達里要求美國勿繼續單獨在巴國境內進行攻擊民兵的行動。幾天後，美國的無人飛機在巴基斯坦境內被擊落。
當然，札達里也是陷入困境中，如果不繼續與美國合作打擊恐怖組織，恐怕巴基斯坦的治安會更加混亂，而他自己也將再度成為恐怖攻擊的目標。近日軍方高層進行大幅改組，有數名少將晉升中將，原情報單位的首長也被撤換。新任的情報單位首長帕沙(Ahmed Shuja Pasha)中將，在近幾年掌管西北前方省及部落地區安全行動。此項新的任命顯示，巴基斯坦將更積極處理邊境的安全問題，也有回應美方壓力的姿態，因為美國一直對巴基斯坦情報單位有所疑慮。但美巴在反恐合作上將如何調整，仍有待觀察。
