日本防衛省曾於十四日宣佈，當天上午發現一艘不明國籍潛艦侵犯領海，伸出潛望鏡航行於高知縣足摺岬外海的豐後水道周圍，但是，經過一星期的調查，防衛省和自衛隊認為誤判入侵物體的可能性高，有可能將鯨誤認為潛艦，不過，由於並未能加以斷定而造成調查步入迷宮。

「共同社」引述防衛省和自衛隊幹部的發言報導，防衛省針對這項事件除蒐集鄰國潛艦的動向並要求美軍的協助，達成的結論是，問題海域在當時近乎沒有他國潛艦存在的可能性，加上，足摺岬外海是鯨的生存地，因此判斷有可能是把鯨的背鰭誤判為是潛艦。不過，並未有斷定是鯨的証據。

防衛省於十四日下午宣佈，海上自衛隊神盾艦「愛宕號」於同日清晨六時五十六分（台灣時間五時五十六分），目視確認豐後水道周邊的日本領海有「類似潛望鏡」的物體，經由聲納探測約三十分後判斷「是潛艦的可能性高」，但是，並未發現顯示螺旋槳等聲音特徵的聲紋。

報導引述有關人員的發言指出，站在「愛宕號」艦橋外的砲長以目視發現約一公里外有類似潛望鏡的物體，約十秒後通知身旁的艦長，艦長確認逐漸消失於水面下的類似潛望鏡的物體以及該物體在水面上造成的水波。「愛宕號」隨即朝「類似潛望鏡」出現的方向航行並發出聲納探測，有兩次探測到移動物體，但是，回聲都是來自領海之外，距離現場很遠的地點。

日方在發現不明潛出沒領海外，除「愛宕號」之外，並派出 P3C反潛機及三艘護衛艦等全力追蹤，防衛大臣林芳正對發生此事表明遺憾，首相福田康夫則下令全力搜查，查明真相。日本軍事專家曾公開指出，會入侵日本領海的定是中國海軍，中國曾對日方提出抗議。

近年來中國潛艦屢被發現接近日本海域，且入侵日本領海已有前科，日本領海出現不明國籍潛艦令人首先想到是中國潛艦並不足怪。二零零四年，一艘中國潛艦就被發現在琉球先島群島的日本領海內潛航而引起日本的震驚，這艘潛艦被發現還曾遠航至關島的周邊海域。