5月20日就任的新內閣人事受矚目，閣揆呼聲高的東吳大學校長劉兆玄9日仍不對是否受徵詢及接任表示意見，只說應等總統當選人馬英九做最後決定，「這時間我不會回答這些問題」。對此，馬蕭辦公室發言人羅智強9日表示，對於所有的報導或點名他們沒有評論，但是相關人事一旦確定一定會向外界說明。

馬英九新政府的行政院長人選到底由誰出線，現在露出端倪，各大媒體都點名東吳大學校長劉兆玄將是閣揆人選。對此，馬蕭辦公室發言人羅智強9日依舊表示，對所有人事問題他們沒有評論，一旦確定會再跟外界公布。

而先前傳出可能也是閣揆人選的國民黨主席吳伯雄，9日對劉兆玄可能組閣一事，也不願多談，只表示他完全尊重馬英九的人事權，在馬英九沒有宣布前他不會發言。不過他個人覺得劉兆玄很不錯。

對此，民進黨團幹事長賴清德表示，這是準總統馬英九的權利，民進黨團完全尊重。賴清德強調不管誰當行政院長，民進黨團希望新閣揆能符合3項期待，就是兌現馬蕭競選政見，拼經濟之餘兼顧國家主權，以及希望國民黨不要黑金復辟，他強調未來絕對會嚴密監督新政府，對於福國利民的法案將全力支持。

中國國民黨立法院黨團代理書記長謝國樑則說，劉兆玄行政資歷完整，與副總統當選人蕭萬長有共事經驗，相信對新政府推動政策是正面的；但他也強調，若真由劉兆玄組閣，希望新內閣能提出福國利民政策，黨團也會負監督之責。

據媒體報導，準總統馬英九曾在3月底、4月初3度密集拜訪劉宅，「三顧茅廬終於讓劉兆玄鬆口同意接任閣揆」。劉兆玄擔任東吳大學校長，任期到7月底屆滿；東吳大學9日否認在找新校長，表示劉兆玄屆滿後仍可續任。

劉兆玄在總統選舉後，一直是閣揆呼聲最高的人選，但他一直很低調，先前接受訪問一直說未獲徵詢，也不會接手。