【新唐人】針對國務機要費案，台灣總統府公共事務室十三日晚間發布簡訊指出，陳水扁將在兩天內對外公開說明。民進黨則於記者會中，針對國務機要費案引起台灣內部紛擾，向台灣社會表示歉意，此外，台灣本土社團也發表聲明，呼籲台灣各界應尊重司法審理、以及憲政運作，回歸民主正常體制，以求台灣社會穩定。

針對國務機要費案，台灣總統府十三日晚間指出，陳水扁詳閱起訴書後，將在兩天內對外公開說明。

台灣高檢署查黑中心檢察官陳瑞仁十三日向媒體表示：證據是否充足，才是國務機要費全案重點。

台灣高檢署檢察官 陳瑞仁：「這個案子從頭到尾並沒有任何的政治干預，我們面臨的只是證據夠不夠的問題而已，所以沒有任何的干預，可以向社會大眾做一個說明。」

陳瑞仁表示，全案雖已將相關人涉及貪污、偽造文書等罪偵結起訴，但仍有必要追查還沒清出的發票、以及未到案的海外工作人員。

民進黨方面則緊急召開臨時擴大中執會，將總統夫人吳淑珍、前總統府副秘書長馬永成等被起訴黨員移送中評會，依照黨內規定儘快處理，並要求總統陳水扁對起訴書列舉的疑點，立即向民眾清楚說明，以昭公信。

台灣民進黨主席 游錫琨：「清廉是民主進步黨的核心價值，本黨對國務機要費一案，引發社會騷動紛擾，本黨深感歉究。」

台灣本土社團也在當晚發出聲明指出：台灣社秘書長 楊文嘉

起訴書內容已明確證實，並無總統干預司法一事。

台灣正逢發展關鍵時刻，外有中共武力威脅，內有政客配合進行政治鬥爭，此刻最需要的，正是維護體制的穩定力量。

新唐人電視 台灣台北報導